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透射电镜数据处理-将.emd格式转换为.mrc或.dm格式

时间:2025-05-16 作者: 点击:

赛默飞系列电镜包括Spectra、Themis、Talos等型号,其常使用的数据采集软件从TIA过渡为Velox,产生的原始数据一般为.emd格式,而且Velox软件并不能免费开放获取,因此不太方便用户进行离线的数据处理。

为了方便数据处理和分析,可以先将.emd格式转换为.mrc格式并用Gatan的GMS或者DigitalMicrography软件(软件下载地址:https://www.gatan.com/installation-instructions)进行处理,但是在转换过程中可能会遇过如下问题:

1、相对于.emd格式,.mrc格式中图像上下翻转,影响观察;

.emd格式(左)以及.mrc格式(右)

2、所有.mrc文件都需要手动添加标尺,且低倍图像标尺出现乱码;

添加标尺后的低倍照片(左)以及高倍照片(右)

3、电子衍射花样亮度/对比度出现偏差(可通过DisplayControl的Brightness/contrast/Gamma值来调节),且标尺不正确;

选区电子衍射花样的.emd格式(左)以及.mrc格式(右)

针对上述问题,可以采取下述步骤解决:

1、图像上下翻转

方案1:打开GMS或者DigitalMicrography → 点击菜单栏Process→ 选择Flip Vertical;

方案2:安装插件Flip and save.s进行批量转换(插件见附件)

1)在GMS或者DigitalMicrograph上安装脚本Flip and save.s(File-Install Script File...);

2)用GMS或者DigitalMicrograph将mrc开打,运行Flip and save(Custom-Flip and save.s)将mrc批量保存为dm4格式;

2、添加标尺并修改单位

添加标尺:在图像上点右键,选择Layout,选择AddScalebar;

添加标尺

修改标尺单位:

1)在图像上点右键,选择Image Info,选择Calibration;

2)将中文“祄”替换为“μm”或者“nm”(有的软件版本不支持显示“μm”)

3)如果将“祄”替换为“nm”,需要将数值小数点右移三位,如下图将0.00014865变成0.14865

修改标尺单位界面

修改前(左)以及修改后(右)的标尺

3、选区电子衍射花样的标尺

如下图,衍射花样中标尺显示“1e+13、1e+16”等科学计数法;

修改前的标尺显示

在ImageInfo界面,将Dimensions-Scale里的“e13”删掉并将小数点左移两位,将Dimensions-Units里的中文“祄”替换为 “1/nm”

修改前的ImageInfo

修改后的ImageInfo

修改后的标尺显示

参考链接:https://mp.weixin.qq.com/s/1fdi_Jb6c-hEcF8i0KWHKA


  • 附件【Flip and save.rar】已下载

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